マギウスの本拠地に乗り込んだ魔法少女たち。再会したいろはとやちよ、そして合流したまどか達の前に立ちふさがるのは、マギウスの戦士となった由比鶴乃と巴マミだった。マミと鶴乃は我を失っていて、仲間であるはずの魔法少女達を攻撃する。戦うに戦えず、苦戦するいろはとまどか。
そのころ神浜市にはマギウスの作戦によって、魔女が次々と呼びせられていた。そして、観測史上最大のスーパーセルも接近していて、６時間後には神浜市に上陸すると言う。
そのスーパーセルの正体は最凶最悪の魔女、ワルプルギスの夜であった。