魔法少女とは、自らの願いと引き換えに魔女と戦い続け
いずれ魔女になる宿命を背負った存在。
その宿命から魔法少女を救う計画「エンブリオ・イブ覚醒作戦」を実行に移した
マギウスの翼が、神浜市に多くの魔女を引き寄せ、街は混乱に陥る――。
計画を止める為、仲間を救う為、願いの為……それぞれの想いが交錯する。